京都鞍馬寺。(By I, KENPEI,wikimedia.org/)
不同於平家整個遷移到京都去,賴朝一方面覺得當時的京都因為長年征戰,早已破敗不堪;一方面則感覺到,掌握實權的人離皇室越遠,就越不會捲入皇室的糾紛當中,政權才可以因為遠離風暴而長治久安。賴朝這個決定開啟了武家政治的時代。過去平家的政權中心在京都的六波羅,經常捲入皇室之間的糾葛當中,像是先前提到的「保元平治之亂」,不僅是武家的叛變,其中更涉及了天皇跟上皇之間互相對對方干涉權力的不爽。但這個決定茲事體大,對皇室來說,賴朝這個決定固然讓他們很吃驚,但就算是當時最有權力野心的後白河法皇,在冊封源義經釀成賴朝對義經擅自接受官職的不滿,進而引發兄弟鬩牆的戰爭後,似乎也只能接受賴朝的決定。
接下來的時間,身在東國的賴朝將幕府的權力擴張出去,過去平氏掌握不了的關東不用說,賴朝更將勢力伸進了現在東北地區的奧州。奧州在過去自成一國,完全不受到朝廷的掌握,甚至在義經跟賴朝鬧翻後,還擅自收留義經,擺明不理賴朝。賴朝當然無法忍受這種事,於是即使決心示弱,將窩藏的義經交出來,奧州藤原氏仍然被賴朝消滅了,鐮倉權力所及,已經將近現在北海道之外的整個日本。